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永禄10年（1567年）ポルトガル船3隻が入港し南蛮貿易として栄え、また、天正7年（1579年）にはキリシタン布教の根拠地となり西洋文化の窓口として世界に知られるようになりました。（長崎県指定史跡）

口之津港が優れていたことを、当時の記録は次のように伝えています。

「この地方において志岐、口之津を除けば安全にして四方の風を避ける便利な港は他にない。口之津は良港である。なぜなら、船を随意に碇泊することが出来るからだ。」（リストホーテン“水路記集”)

天正4年（1576年）・7・8・10年にもポルトガル船2隻ずつが入港し、活気を呈しました。